L’APF publie principalement le Journal de l’APF, le bulletin d’information semestriel de l’association, qui inclut un éditorial du président, des informations sur divers congrès paléontologiques, un compte-rendu du dernier congrès de l’association et les résumés des communications qui y ont été faites (si applicable), ainsi que des analyses d’ouvrages (dont des thèses). Depuis 2008 (tome 55), il est en couleur.
En 2002, un accord est signé pour que les Annales de paléontologie deviennent la publication scientifique officielle de l’APF, bien que le lien entre cette revue et l’APF soit resté ténu jusqu’à présent.
Depuis son inauguration, l’APF a également sollicité et produit, par l’intermédiaire de ses membres, divers rapports et dossiers, dont voici la liste :
1988
L’état de la paléontologie française.
1990
L’enseignement de la paléontologie en Europe.
1991
Le patrimoine géologique.
2002
Relations paléontologues professionnels et amateurs. Impact factor. Patrimoine, pillage et protection. Affaire OCIM.
2003
Les bases de données.
2004
Le commerce des fossiles. Collections : propriété des collections en paléontologie.
Patrimoine : Projet de statut agréé par l’APF pour les paléontologues amateurs.
Impact factor, suite.
2005
Faut il créer un Centre paléontologique ?
2006
Le Museum : l’inventaire du patrimoine géologique.
2007
Danger créationniste (réaction à la parution de l’Atlas de la création, polémique et lettres).
2008
22e RAST : Nancy, « Paléontologie, évolution » APF-SGF.
Septembre 2008 à mars 2009
Evolution Evolution ! Série de conférences.
Digne-les-Bains, 4èmes journées nationales du patrimoine géologique (Alpes de Haute-Provence) « La place des associations professionnelles de géologues s.l. dans les contextes international, européen, national et régional ».
Table ronde inventaire national du patrimoine géologique : de l’implication des Réserves Naturelles (géologiques et autres) à l’implication de tous.
2010
Quel avenir pour les collections universitaires de géologie?
En 2021, l'APF débute une série de numéros spéciaux en libre accès en association avec différents congrès internationaux de paléontologie:
2021
Journal de l’Association Paléontologique Française Numéro Spécial 1 : Current Studies on Past Biodiversity in Southeast Asia 2021 Abstracts Volume
Journal de l’Associaton Paléontologique Française Numéro Spécial 2 : Lille 2021: Ordovician of the World Programme with Abstracts
