L’APF organise, à une périodicité qui a varié selon les époques (le plus souvent annuel), un congrès (initialement nommé « Journées annuelles », puis « Congrès ») paléontologique. En voici la liste :
Journées annuelles :
Mars 1981, Paris : Bilan et perspectives de la paléontologie française.
Mars 1982, Paris : Phylogénie et Cladisme.
Mai 1983, Dijon : Le genre en paléontologie (avec SGF).
Mai 1984, Paris : Biocénoses et taphocénoses.
Avril 1985, Marseille : Réponse des organismes aux changements climatiques.
Avril 1986, Pau : Modifications biologiques, Evènements géologiques (avec AGSO).
Avril 1987, Paris : Les techniques en paléontologie.
Octobre 1988, Marseille : Biosédimentologie (avec SGF).
Octobre 1989, Genève : paléontologie entre Jura et Alpes (avec SPS).
Mai 1990, Paris : 1er Congrès National de paléontologie.
Octobre 1992, Paris : Marqueurs biologiques et paléobathymétrie.
Septembre 1993, Poitiers : Paléobiochronologie en domaine marin et continental.
Septembre 1994, Montpellier : Protection des sites paléontologiques.
Décembre 1995, Paris : Faune, flore et stratigraphie séquentielle (avec SGF).
Décembre 1996, Paris : 2e Congrès national de paléontologie: histoire récente et prospectives à l'aube de l'an 2000.
Novembre 1997, Paris : De la biostratigraphie à la paléobiogécqraphie (avec SGF).
Septembre 1998, Dijon : Paléontologie et partenariat.
Septembre 1999, Dijon : Bio-Géo-Images (avec SGF).
Décembre 2000, Rennes : L'événement Messinien: approches paléobiologiques.
Janvier 2003 Paris : Hommage à S.J. Gould (avec Collège de France et Académie des sciences).
Juin 2004, Paris : Faune et flore des bassins paraliques.
Septembre 2005, Paris Bioconstructions et bioaccumulations post-paléozoïques.
Novembre 2006, Paris : Biodiversité et crise de la biodiversité au Néogène en Afrique du Nord.
Congrès (initialement tous les deux ans, jusqu’en 2011, puis annuels)
Mai 2007, Digne les Bains Congrès : À l’interface des Sciences de la Terre et de la Vie
Aout 2009, Lille, Congrès : Climats Paléozoïques
Mai 2011, Elbeuf Congrès (Sans tème et sans titres)
Avril 2013 Toulouse Congrès Actualités paléontologique
Mai 2014, Paris : Objets géologiques, objets biologiques
Mai 2015, Bâle : Approches nouvelles en paléontologie
Depuis 2012, des enchères sont organisées au congrès de l’APF, pour financer (entre autres) les prix.
L'APF a également été partenaire pour l'organisation d'autres congrès (géologiques, surtout), comme le forum GeoReg, qui s'est tenu à Lille en octobre 2011
